Inizialmente erano valli di acqua dolce, formatesi dalle alluvioni dei fiumi, poi a partire dal secolo XVI s'aggiunse l'ingresso delle acque marine, che diedero vita alla definitiva valle d’acqua salmastra.

Tra argini e dossi si scorgevano innumerevoli casoni e tabarre sui quali si fonda da sempre l'organizzazione della pesca tradizionale, testimonianza della grande laboriosità e caparbietà di questi popoli. 

In origine i casoni erano costruiti con canne e paglia poi a partire dal XVII secolo, furono rifatti in muratura e con più vani.
La loro funzione era doppia in quanto servivano sia come stazione di pesca che di appostamento per la protezione delle valli dalla pesca di frodo.

Oggi, a seguito di un accurato restauro, sopravvivono diversi casoni di appostamento (Foce, Coccalino, Donnabona ecc.) e due da pesca: il casone Pegoraro e il casone Serilla, che era uno dei maggiori. 
Qui il turista potrà osservare un esempio di lavoriero tradizionale, una trappola fissa in acqua, che consente di catturare le anguille separatamente da cefali e altri pesci, che, spinti dall’istinto riproduttivo, migrano a mare. 
La pesca dell'anguilla era in un passato recente l'attività principale delle Valli di Comacchio ed oggi come allora viene effettuata con il lavoriero; si tratta di un manufatto formato da una serie di bacini comunicanti, a forma di punta di freccia. 
Un tempo era interamente costruito in grisole (fasce di canna palustre legate da paviera) e pali in legno, mentre oggi è in cemento e griglie metalliche. 
Il sistema di cattura è comunque rimane sostanzialmente lo stesso del passato. 

Le saline sono infine un altro elemento importantissimo delle Valli di Comacchio. 
Fin dai tempi più antichi veniva estratto il sale nell'area limitrofa al canale Logonovo e questa attività remunerativa fu la causa di numerose guerre contro Venezia e lo Stato Pontificio. 

Solo in epoca napoleonica fu realizzata una salina moderna (1810), mentre pare che fino ad allora il sale prodotto fosse frutto di depositi spontanei. 
L'estrazione del sale è proseguita fino al 1984 anno in cui si è interrotta l'attività di estrazione. 

Oggi la salina è meta di visite guidate ed escursioni in quanto si tratta di una zona umida di notevole valore naturalistico, dove nidificano moltissime specie di uccelli e dove, da alcuni anni a questa parte, nidificano anche i fenicotteri rosa.  

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